Fenchelknolle waschen, das feine Grün abschneiden und beiseite legen. Knollen längs in Spalten schneiden und in kochendem Salzwasser 8-10 Minuten bissfest garen. Mit dem Schaumlöffel herausheben, in eine mit 1 El Öl gefettete ofenfeste Form legen. Backofen auf 210°C vorheizen. Tomaten waschen, putzen, mit einer Gabel einstechen, zwischen dem Fenchel verteilen.
Knoblauch abziehen, zerdrücken, wie die Thymianblättchen und 3 EL Kapernäpfel auf dem Gemüse verteilen. Mit Wein und übrigen Öl beträufeln. Im Ofen auf mittlerer Schiene ca. 30 Minuten backen. Gemüse herausnehmen, etwas abkühlen lassen. Fenchelgrün fein schneiden. Fenchelgrün, Orangenschale und restliche Kapernäpfel 1EL auf dem lauwarmen Gemüse verteilen. Mit frisch gemahlenem Pfeffer bestreut servieren.